Die Jesuiten, von der spanischen Krone zur Sicherung der Eroberung Indiens (Indies del Cielo – Kirche der Indischen Inseln) entsandt, kamen im 16. Jahrhundert nach Peru, um den indigenen Stämmen das Christentum zu bringen. Im 17. und 18. Jahrhundert wurde auch Ostbolivien von Jesuiten mit demselben Ziel besiedelt. Zwischen 1696 und 1760 gründeten die Jesuiten sechs Komplexe von „Reducciones“ (Reduktionsstationen). Diese wurden in einem Stil erbaut, der katholische Architektur mit lokalen Traditionen verband. Die meisten südamerikanischen Jesuitenmissionen wurden nach 1767 aufgegeben, doch die Chiquitos-Reduktionsstationen blieben erhalten. Sechs Missionen sind heute noch vorhanden: San Francisco Javier, Concepción, Santa Ana, San Miguel, San Rafael und San José de Chiquitos. Diese sechs Missionen bilden ein lebendiges Kulturerbe und gehören seit 1990 zum UNESCO-Welterbe.
San José de Chiquitos ist die drittälteste Mission und dank ihrer zentralen Lage auch die wichtigste Stadt der Region. Die heutige Kirche wurde 1754 erbaut. Die einheimischen Indigenen wurden hier nicht nur im christlichen Glauben, sondern auch in ihrer Kultur unterwiesen. Sie lernten, Musikinstrumente zu spielen, und eine Musikschule befindet sich noch heute innerhalb der Missionsmauern. Außerdem gibt es ein Museum, das der Geschichte und dem Leben in den Missionen gewidmet ist.
